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Grenadier se passe dans un monde féodal, au moment de l'Histoire où les armes à feu apparaissent au Japon. Les experts de l'utilisation des armes à feu sont les Senshi, et font régner leur loi sur ce monde. Une jeune femme, Tendou Rushuna, après avoir été formée par l'Impératrice elle-même, est envoyée dans les différentes nations pour transmettre son savoir et appaiser le pays. Dans cette quête, elle rencontrera Kojima Yajirou, un samuraï surnommé le "Tigre de l'arrière-garde" qui combat les Senshi, et Mikan, une fillette spécialisée dans les ballons de baudruche.